东南大学为探索新的科研和学科建设体制，打破现有院系的界限，集中并优化学校现有科技创新平台和人力资源优势，促进学科交叉、集成和融合，而建立了学术特区制度。
城市工程科学技术研究院是在学校的大力支持下，经过多年努力探索，积极调动整合多方面资源而成立的东南大学第一个学术特区。研究院作为学校直属的科学研究单位，以发展科学技术为第一要务，紧紧围绕‘发展解决复杂的大规模城市工程系统问题，构建安全、舒适、健康及可持续性发展的城市基础设施、系统和环境的现代科学理论及工程技术’，通过交叉、开放、国际前沿合作和产学研深度联合等重要途径，推动城市工程相关学科及新兴学科取得跨越式发展。同时，东南大学希望通过城市工程科学技术研究院的建设加快我校土建交通高峰学科群优先跨入世界一流行列的进程，加强土建交通与材料、能源、环境的深度交叉及融合，提升学术前沿的核心竞争力，孕育城市工程新学科，同时形成一个重大科研项目策划、组织及实施的重要基地，探索全新的科研、学科建设及高水平师资队伍培养体制。
研究院前身是2006年成立的东南大学“城市工程科学国际研究中心”。经过这一过程的运营和发展，已形成了围绕城市工程学科发展的重点支撑研究领域，为学校争取了国家973计划，863计划，国家支撑计划，国际合作基金，国家自然科学基金及省部级基金项目数十项，并培养了教育部新世纪优秀人才，江苏省333人才等一批优秀杰出人才。
研究院按其学科领域下设纤维材料与工程耐久、环境控制与节能工程、智能传感与感知工程、城市高效运行与安全保障等4个研究所。依托研究院，学校目前已启动了独立的“可持续化城市工程科学技术”985创新平台，研究院已基本拥有了国际先进水平的试验设备条件。此外，研究院还建有江苏省玄武岩纤维及复合材料工程中心及低碳型建筑环境设备与系统节能教育部工程研究中心等省部级创新平台。同时在学校，地方政府及产业界的共同努力推动下已开始了玄武岩纤维国家级创新平台的建设，南京市建邺区在新城科技城为玄武岩纤维及复合材料工程中心建造了建筑面积15000平方米的研发大楼。
